Desde 1996, el MALI lleva a cabo en la segunda mitad del año la Subasta Anual de Arte. En esta, su edición número 19, la tradicional subasta del MALI ofrece una gran oportunidad para las personas interesadas en formar o enriquecer sus colecciones, convirtiéndose a lo largo de más de una década en un hito en el calendario artístico nacional.
Se trata, ante todo, de una forma de generar recursos propios para el museo, pero son también un aporte del MALI que otorgan dinamismo y vitalidad a nuestro medio artístico, fomentando así de manera decisiva la formación de un coleccionismo local.
La selección de piezas suele estar dividida en sesiones de Arte peruano, Artes decorativas, Siglo XIX-XX y Arte contemporáneo, presentándose alrededor de sesenta lotes en cada subasta.